Στο Τμήμα Αγρονόμων και Τοπογράφων Μηχανικών υπάρχουν και λειτουργούν σύμφωνα με Υπουργικές αποφάσεις τα παρακάτω εργαστήρια:
- Εργαστήριο Γεωδαιτικών Μεθόδων και Δορυφορικών Εφαρμογών
Διευθυντής Χ. Πικριδάς (Κ)
Διευθυντής Γ. Βέργος (K)
- Εργαστήριο Τοπογραφίας (LabTop)
Διευθυντής Β.Τσιούκας (Κ)
Διευθυντής Π. Πατιάς (Κ)
- Εργαστήριο Κτηματολογίου και Συστημάτων Γεωγραφικών Πληροφοριών
Διευθυντής Α. Αρβανίτης (Κ)
- Εργαστήριο Χαρτογραφίας και Γεωγραφικής Ανάλυσης (CartoGeoLab)
Διευθύντρια Χ.Μπούτουρα (Κ)
- Εργαστήριο Υδραυλικών Έργων και Διαχείρισης Περιβάλλοντος
Διευθυντής Α. Λουκάς (Κ)
- Εργαστήριο Σχεδιασμού Μεταφορών, Συγκοινωνιακής Τεχνικής και Οδοποιϊας
Διευθυντής Σ. Μπάσμπας (Κ)